九州旅客鉄道豊肥線で、2024年度の乗降客数が掲載されている17駅を多い順に並べています。同じ駅で複数の路線がある場合、乗降客数は「一番中心に近い駅」の行にだけ載るため、この路線の一部の駅は表に出ないことがあります(出典の仕様)。

1. 1位 新水前寺駅 10,786人 熊本県 熊本市中央区
2. 2位 水前寺駅 7,570人 熊本県 熊本市中央区
3. 3位 肥後大津駅 6,456人 熊本県 菊池郡大津町
4. 4位 光の森駅 5,394人 熊本県 熊本市北区
5. 5位 武蔵塚駅 4,644人 熊本県 熊本市北区
6. 6位 東海学園前駅 3,558人 熊本県 熊本市東区
7. 7位 原水駅 3,248人 熊本県 菊池郡菊陽町
8. 8位 大分大学前駅 3,098人 大分県 大分市
9. 9位 平成駅 2,662人 熊本県 熊本市中央区
10. 10位 南熊本駅 2,440人 熊本県 熊本市中央区
11. 11位 敷戸駅 2,076人 大分県 大分市
12. 12位 竜田口駅 1,632人 熊本県 熊本市北区
13. 13位 中判田駅 1,540人 大分県 大分市
14. 14位 三里木駅 1,512人 熊本県 菊池郡菊陽町
15. 15位 三重町駅 1,428人 大分県 豊後大野市
16. 16位 滝尾駅 820人 大分県 大分市
17. 17位 豊後竹田駅 710人 大分県 竹田市